「選択中のレイヤーのコピーを結合」アクションをまず試してみて、動作が重いと感じたらコチラのご利用をオススメします。
グッジョブさんが配布されている「選択中のレイヤーのコピーを結合」
http://www.clip-studio.com/clip_site/material/search/detail/contentid/1653864
上記アクションだと動作が重い時があるので、シンプルバージョンを作りました。
動作が軽いように、単純にレイヤーを複製して結合します。

●レイヤーを複数選択してアクションを再生すると、そのレイヤーを複製して結合します。
●選択範囲で囲っても選択範囲内のみを複製は出来ませんので、複製して結合後にいらない部分をカットしてください。
※グッジョブさんの配布されている「選択中のレイヤーのコピーを結合」ならば可能です。
●カラー/グレー/モノクロの3種ありますが、これは結合後のカラーモードの指定です。
▽アクションの中身はこのような感じです。

※参考までに、24MBのカラーイラストのレイヤーをアクションで結合した時のCPU使用率を図ってみました。
・選択中のレイヤーのコピーを結合>5.3%
・複数レイヤー複製結合>3.5%
でした。(PC環境によってCPU使用率は変わります)